• Windows PE 不支援 .NET Framework。
• 因為不支援 Windows on Windows (WOW)，所以在 32 位版本的 Windows PE 中不能運行 16 位應用程式，而在 64 位元版本的 Windows PE 中不能運行 32 位應用程式。
• 為防止將 Windows PE 作為通用作業系統使用，在初始引導程式啟動 24 小時後，將自動重新啟動 Windows PE。
此外，Windows PE 僅有一個 Windows Vista Win32 API (API) 的子集，其中包括 I/O (磁碟和網路)和核心 Win32 API。需要下述任意一個 Win32 API 的應用程式將不能在 Windows PE 中運行：存取控制、NetShow Theater Administration、OpenGL、電源管理選項、列印和列印假離線系統、靜止映像、磁帶備份、終端服務、使用者設定檔、Windows 站和案頭、Windows 多媒體以及 Windows shell。
• Windows PE 不適合在磁碟片中提供，但您可將 Windows PE 映像寫入到可引導 CD 中。
• Windows PE 需要一個與“視頻電子標準協會”(VESA) 相容的顯示裝置，並將使用它能確定支援的最高螢幕解析度。如果 Windows PE 不能檢測視頻設定，它將使用 640 × 480 像素的解析度。
• Windows PE 僅對獨立 DFS 根目錄支援“Distributed File System”(DFS) 名稱解析。
• 您不能從另一台電腦訪問運行 Windows PE 的電腦上的檔案或檔案夾。換言之，Windows PE 不提供伺服器功能。
• 電腦必須有最低 256 MB 的 RAM。
• Windows PE 既支援 IPv4 又支援 IPv6，但它不支援其他協議，如網間封包交換/順序封包交換 (IPX/SPX) 協議。
• 會話間的磁碟機符號分配是不固定的。重新啟動 Windows PE 後，將按預設順序分配磁碟機符號。